A Direcção Pedagógica é uma unidade central da Universidade Pedagogica criada no contexto da Reforma Curricular e Revisão de Estatutos de 2003. Constituiu-se, então, com os seguintes termos gerais de referência:
- Garantir o cumprimento do calendário académico;
- Gerir e avaliar o currículo;
- Assegurar o cumprimento das actividades académicas programadas;
- Coordenar e harmonizar as acções pedagógicas;
- Assegurar o sucesso das práticas profissionalizantes.
No ano académico 2010, a Universidade Pedagógica aprovou um novo currículo que assenta no Sistema de Acumulação e Transferência de Créditos Académicos (SNATCA) e num sistema de formação maior (Major) e menor (Minor) em que os minors encontravam-se ligados aos cursos. O currículo de 2010 foi revisto em 2014, tendo resultado no realinhamento do mesmo e na libertação da escolha dos minors.
Todas estas actividades impuseram a necessidade de socializar a nova filosofia de organização curricular. Tal desafio, levou a reestruturação da Direcção Pedagógica. Assim, composta inicialmente por um Director Pedagógico, um Departamento de Planificação e Avaliação; um Departamento de Práticas Pedagógicas e um Departamento dos Cursos Pós-laborais, ela passou a constituir-se do seguinte modo: Director Pedagógico;
Departamento de Monitoria e Supervisão, Departamento de Planificação e Avaliação Pedagógica e Departamento de Práticas Profissionalizantes. Em 2016 foi acrescido o Departamento de Exames de admissão composto pelos sectores de Gestão de Processos de Admissão; de Desenvolvimento de Sistemas; de Estudos e Processamento de Dados e sector de Prestação de Serviços.
Foram Directores Pedagógicos da Universidade a Profª Doutora Stela Mithá Duarte (2003 a 2007), Prof. Doutor Gil Mavanga (2007 a 2010)e o Prof. Doutor Hipólito Sengulane (2010 a 2018). . O actual Director é o Prof. Doutor Elias Narciso Matos (2018....).